Bevor das Kloster der kroatischen Benediktiner hier gegründet wurde, war der Platz Teil des Bezirks Podskali, welcher zur Kirchengemeinde St.Kosmas und Damian gehörte. Als Karl IV. die Neustadt bauen ließ, wurde den Benediktinern aus dem Balkon angeboten, ins neu erbaute Kloster zu ziehen, dort die altslawische Liturgie zu praktizieren und den Aufbau eines Zentrums slawischer Bildung und Literatur zu betreiben, in Einvernehmen mit den Wünschen des Gründern und als Dank für Privilegien, die Papst Klement VI. gewährt hat.
Darum auch hat Karl IV. ein Scriptorium, eine Art Schreib-Schule etabliert, wo sowohl das römische als auch das glagolische Alphabet benutzt wurde. Unter den hier entstandenen Werken sind z.B. die illustre Emaus-Bibel von 1360, zwei Ausgaben von tschechischen Übersetzungen der Bibel und der glagolische Teil des Rheimschen Evangelariums, auf das bis 1782 die französischen Könige ihren Eid schworen.
Die Kirche Unserer Lieben Frau und der Slawischen Schutzheiligen wurde im Jahres 1372 in Gegenwart des Herrschers und seiner Familie eingeweiht, an einem Ostermontag, an dem man gewöhnlich eine Passage aus dem Neuen Testament über die Reise Jesu nach Emmaus liest.
So kam das Kloster auch zu seinem Namen. Ab dem 15. und bis ins späte 16. Jahrhundert gehörte die Kirche den Utraquisten. Im Jahre 1635 wurden von Ferdinand III. spanische Benediktiner aus dem Kloster Montserrat geholt und in Emaus angesiedelt, das um ein Geschoss aufgestockt und teilweise barockisiert wurde. Im 19. Jahrhundert kamen Mönche aus Beuron und das Kloster wurde von ihnen regotisiert. Nach Entstehung der Tschechoslowakischen Republik blieben nur die tschechischen Mönche im Hause und slawische Liturgie wurde teilweise wieder eingeführt. Am 14. Februar 1945 wurde das Kloster von einer Streufeuerbombe getroffen und vom sich ausbreitenden Feuer schwer beschädigt. In den Jahren 1960 – 69 wurden die zwei Spitztürme gebaut, nach Entwürfen des Architekten F.M. Cerny.
Das Kloster und die Kirche hatten seit Beginn reichen Innenschmuck. Einiges davon konnte gerettet werden. So ein Zyklus von gotischen Wandmalereien aus den Jahren 1360 – 1370, der zu den kostbarsten Relikten dieser Zeit in Böhmen gehört. Das Refektorium aus der frühen Barockzeit wird heute als Konzert- und Vortragssaal genutzt.