En 1547, el consejo municipal de Ceske Budejovice aceptó la decisión a construir la torre que sirviera, aparte de la representación de la ciudad, como
un campanario y una torre de guardia. Probablemente el consejo fue inspirado por otras ciudades, especialmente por Klatovy, donde la torre empezaba a ser popular.
En el mismo ańo empezó la extracción de piedra y dos ańos después los cimientos para la torre se hicieron al lado de la iglesia de San Nicolás. Los cimientos fueron sujetados por pilotes de roble para proteger la construcción contra el agua subterránea. La piedra fundamental de la torre fue puesta en el 20 de junio de 1550. El material para la construcción fue transportado por la puerta en el lado oriental de la torre, en el ańo 1552 inscrito como el
portal rectangular. La construcción fue dirigida por el maestro de obras Hons hasta el ańo 1555, después por el maestro Lorenc y finalmente hasta el ańo 1565 por Vincenc Vogarell, todos eran italianos. La obra del maestro Hons es la torre redonda pequeńa en la esquina del sudeste con la escalera de caracol al piso primero. Encima de la entrada está puesto el ańo – 1553.
El maestro Vogarell dirigió la construcción hasta su terminación y fue responsable de su aspecto actual. De sus predecesores pidió algunos objetos arquitectónicos prestados, como por ejemplo la delineación de los pisos individuales con las repisas y los muros un poco inclinados. El piso superior tiene la altura doble de los tres pisos inferiores. Él ańadió agujas góticas en alrededor de ventanas en todos cuatro lados de los tres pisos, de cuales el sonido de las campanas se puede oír de fuera. Dos de las campanas fueron puestas en noviembre 1573, cuando el prisma de la torre fue terminado. Las campanas no eran nuevas, pero fueron mudadas desde el campanario antiguo de la iglesia. La
campana llamada Marta fue fundida en 1506 en Praga por el maestro de campanas Bartolomé. La campana segunda llamada Bumerin era del taller del herrero local, el maestro de campanas Mikulas. En junio 1576, el artista desconocido pintó algunos escudos en la parte de arriba y a los lados del norte y del sur fueron ańadidos relieves de la ciudad y el escudo de los Habsburgos. En octubre 1576, la habitación de guardia fue ańadida a la torre y su galería fue completada por la balaustrada de piedra, dividida en cada lado a cinco secciones por las columnas de Tusco para soportar el techo. El techo fue construido por el carpintero Martín Khopff y fue coronado por la cúpula renacentista de tres partes con linternas. En mayo 1577, el orfebre local decoró la cúpula con la bandera pequeńa y con su instalación fue terminada la construcción. La construcción tardó 28 ańos. El cajero comunal pagó por al construcción tres veintenas de groches. El material – la piedra, la cal y la madera fueron traídos de los bosques y minas cercanos.
La torre completada fue en su época una realización técnica remarcable, que se puede fácilmente ver de sus dimensiones. Desde el techo hay 48,8m hasta el balcón, la altura total hasta arriba es 71,9m. La base de la torre es el cuadro con los muros largos 11,6m y anchos 3,1m. En cada piso los muros se inclinan un poco y así arriba del reloj cada de los muros es más pequeńo por 0,9m y la anchura de los muros baja por 1,96m. En la época de la construcción, era la practica común que las torres estaban orientadas en la dirección del sur – norte, pero durante los siglos pasados apareció la desviación por 17grados 30 minutos hacia el oeste. También apareció la desviación del eje vertical que en 1917 era aprox. 36cm.
Originalmente no planeaban a poner un reloj. En 1606, el relojero Donat de Trebon transmitió la máquina del reloj que en el norte y el sur enseńa el tiempo en el ciclo de 24 horas y en el oeste y el este en el ciclo de 12 horas. El pintor Bartolomé Beranek pintó los números enseguida después de su instalación. El reloj funcionó hasta el ańo 1637. Durante los siguientes siglos el reloj fue modificado algunas veces.
Ni una de las campanas tiene su diseńo original del principio del siglo 16. La campana más grande llamada Bumerin se rompió y fue refundida en 1723 por el maestro Sylvius Kreuz de Linz. En esta ocasión también refundió las otras campanas llamadas Marta y Noon, porque los dos estaban estropeadas por los ańos de su servicio y tres nuevas campanas fueron ańadidas para armonizar.
En 1754, la piedra con el emblema de la ciudad se desmoronó y fue substituida por otra piedra cogida de la capilla del
monasterio de San Dominico, pero esta piedra se desmoronó también en el final del siglo 19. Para la seguridad de la torre, la piedra con el símbolo de los Habsburgos fue también removida. Esta piedra fue depositada en el museo.
El nombre actual “la torre Negra” fue introducido sólo en el siglo pasado por los habitantes checos. Fue inspirado por el color de la superficie de la piedra. Entre los ańos 1983-1986, la torre fue reparada y fue construida la entrada para los visitantes. El balcón superior ofrece una bonita vista al paisaje en alrededor de la ciudad. Debajo de la torre estaba el monumento dedicado a Jan Valerian Jirskik, el obispo de Ceske Budejovice. El monumento tenía un gran valor y era la ultima obra del maestro
Jan Myslbek. El monumento fue destruido durante la ocupación Nazi, pero la forma está guardada y todavía existe la posibilidad, que el monumento se puede restaurar.