Im Jahre 1547 fasste der Stadtrat von Ceské Budejovice den Beschluss, einen Turm zu bauen, der sowohl Repräsentationszwecken, als auch als
Wach- und Glockenturm dienen sollte. Wahrscheinlich hat sich der Stadtrat in anderen Städten umgesehen, besonders in Klatovy, wo so ein Turm sich bereits großer Beliebtheit erfreute.
Im gleichen Jahr begann man die Steine zu brechen und zwei Jahre später hatte man bereits die Grundmauern für einen Turm in der Nachbarschaft der St. Niklaskirche errichtet. Die Grundmauern mussten wegen des Grundwassers mit Eichenzapfen verankert werden. Der Grundstein für den Turm wurde am 20. Juni 1550 gelegt. Das Baumaterial wurde durch die Tür an der Ostseite des Turms transportiert, die seit dem Jahr 1552
das rechteckige Portal heißt. Die Bauarbeiten wurde bis ins Jahr 1555 vom Baumeister Hons geleitet, dann von Baumeister Lorenc und schlussendlich bis 1565 von Vincenc Vogarell, die alle Italiener waren. Das Werk von Meister Hons ist der kleine runde Turm auf der Südostseite mit der Wendeltreppe ins 1. Stockwerk. Über dem Eingang steht das Jahr 1553.
Meister Vogarell leitete die Bauarbeiten des Turms bis zum Abschluss und hat sein Aussehen, das sich bis heute kaum verändert hat, zu verantworten. Von seinen Vorgängern hat er einige architektonische Elemente übernommen, so die Entwürfe der einzelnen Stockwerke mit Simsen und die leicht abfallenden Wände. Das oberste Stockwerk ist dreimal so hoch wie die drei unteren. Er versah die Fenster auf allen vier Seiten der drei Stockwerke, von wo man das Glockengeläut von außen hören konnte, rundum mit gotischen Spiralen. Zwei Glocken wurden bereits 1573 angebracht, als das Prisma des Turms fertig war. Es waren keine neuen Glocken, sie wurden vom Glockenturm der Kirche hier her gebracht.
Die Glocke mit Namen Maria wurde 1506 vom Prager Glockengießermeister Bartolomej gegossen. Die zweite mit Namen Bumerin stammt aus der Werkstatt des örtlichen Schmiedes und Glockengießers Mikulas. Im Juni 1576 wurden von einem unbekannten Künstler einige Wappen an dem Turm angebracht, an der Nord- und Südseite entstanden Reliefs der Stadt und ein Wappen der Habsburger. Im Oktober 1576 wurde im Turm eine Wachstube eingerichtet und die Galerie wurde mit einer Steinbalustrade versehen, die auf jeder Seite fünf Abschnitte bildete, die von toskanischen Säulen, die das Dach stützen sollten, getragen wurden. Das Dach wurde von dem
Zimmermann Martin Khopff gebaut und wurde gekrönt von einer dreiteiligen Renaissancekuppel mit Laterne. Im Mai 1577 dekorierte ein lokaler Goldschmied die Kuppel mit einem kleinen Banner. Damit war der Bau vollendet.
Der Bau hatte 28 Jahre in Anspruch genommen. Die Stadtkasse hatte er 9.560 Schock Groschen gekostet. Das Material – Stein, Kalk, Holz – kam aus den benachbarten Wäldern und Steinbrüchen.
Der Turm war für seine Zeit eine beachtliche technische Leistung, wie schon aus seinen Dimensionen hervorgeht. Von der Decke zum Balkon sind es 48,80 m und die Gesamthöhe bis oben ist 71,90 m. Sein Grundriss ist ein Quadrat mit einer Seitenlänge von 11,60 m und die Mauern sind 3,10 m dick. Da die Mauern auf jedem Stockwerk leicht abfallen, ist jede Seite oben um 0,90 m kürzer und auch die Mauerstärke ist um 1,96 m verringert. Zur Zeit seiner Errichtung war es üblich, Türme in Südnordrichtung zu orientieren. Während der letzten Zeit stellt man jedoch eine Abweichung um 17° 30 Min. gegen Westen fest. Auch die vertikale Achse weicht ab, im Jahre 1917 waren das 36 cm.
Ursprünglich war nicht vorgesehen, den Turm mit Glocken zu bestücken. 1606 brachte der Uhrmacher Donat aus Trebon eine Turmuhr an, die auf der Nord- und Südseite die Zeit im 24-Stundenlauf anzeigte, auf der West- und Ostseite im 12-Stundenlauf. Das Zifferblatt wurde von dem Maler Bartolomej Beranek aus Ceský Krumlov sofort nach Installation der Uhr gemalt. Die Uhr tat ihren Dienst bis 1637, als sie durch eine modernere ersetzt wurde. Das wiederholte sich in den kommenden Jahrhunderten noch öfters.
Die Glocken sind alle nicht mehr in ihrem Originalzustand vom Anfang des 16. Jahrhunderts. Die große, genannt Bumerin, bekam einen Sprung und musste 1793 vom Meister Sylvius Kreuz aus Linz umgearbeitet werden. Bei dieser Gelegenheit nahm er sich gleich auch der anderen Glocken mit Namen Marta und Noon an, da an beiden die langen Dienstjahre nicht spurlos vorübergegangen waren und drei neue Glocken fügten alles zu einem harmonischen Ganzen.
1754 begann der Stein mit dem Stadtwappen an zu bröckeln. Er wurde durch einen anderen Stein von der Kapelle des
Klosters St. Dominik ersetzt. Doch gegen Ende des 19. Jahrhunderts bröckelte auch dieser Stein. Um die Sicherheit des Turm zu gewährleisten, wurde er, ebenso wie der Stein mit dem Habsburger-Wappen, entfernt. Dieser kam ins Museum.
Der heutige Name Schwarzer Turm wurde erst in den letzten Jahrhunderten von der tschechischen Bevölkerung eingeführt. Er geht wohl auf die Farbe der Fassade zurück. Von 1983 bis 1986 wurde der Turm repariert und ein Besuchereingang wurde geschaffen. Vom oberen Balkon aus hat man einen wunderbaren Blick über die Stadt und ihre Umgebung. Unter dem Turm steht ein Denkmal von Jan Valerian Jirsik, Bischof von Ceské Budejovice. Dies ist ein besonders wertvolles Werk, denn es war das letzte des Bildhauers
Jan Myslbek. Das Denkmal wurde während der Okkupation durch die Nazis beschädigt, doch da die Form erhalten geblieben ist, besteht Aussicht, es zu restaurieren.
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